Výzkumné týmy

Výzkumný program č. 1 - Nádorové mikroprostředí

• prof. MUDr. Karel Smetana, DrSc.
  
• RNDr. Barbora Dvořánková, Ph.D.; MUDr. Lukáš Lacina, Ph.D.

V tomto výzkumném programu probíhá pod vedením prof. Smetany výzkum z oblasti diagnostiky a léčby onkologických chorob vycházející ze sliznic hlavy, krku a kůže. Součástí výzkumné práce je klinické vytipování a sledování pacientů včetně průběhu jejich onemocnění, odebírání biologického materiálu, shromažďování relevantních dat i průběžná histologická, imunohistochemická analýza vzorků. Kromě buněčných populací je mapováno i molekulární složení nádorového mikroprostředí, zejména růstové faktory, chemokiny, cytokiny, ale i složky extracelulární matrix. Vztahy mezi jednotlivými typy buněk ve zhoubných nádorech jsou modelovány v podmínkách tkáňových kultur.

Výzkumný program č. 2 - Molekulární diagnostické a terapeutické cíle

• prof. MUDr. Aleksi Šedo, DrSc.
• MUDr. Petr Bušek, Ph.D.

Tento výzkumný program pod vedením prof. Šeda se zaměřuje na výzkum v oblasti neuroonkologie. Biologický materiál získaný od pacientů s mozkovými nádory slouží jak k přímým analýzám (transkriptomika, enzymové analýzy, imunoanalýzy atd.), tak k derivaci primokultur transformovaných i stromálních buněk a jejich charakterizaci. Práce je zaměřena na identifikaci a využití kandidátních molekulárních cílů pro diagnostiku a terapeutický zásah.

Výzkumný program č. 3 - Molekulární rozpoznávání a drug design

• Ing. Milan Jakubek, Ph.D.
• prof. MUDr. Pavel Martásek, DrSc.; RNDr. Michal Dvořák, CSc.

Pod vedením Ing. Jakubka je v rámci BIOCEVu realizován výzkum, jehož hlavním úkolem je vývoj multifunkčních ligandů (MTDLs) ovlivňujících výměnu informací mezi nádorovými buňkami a ostatními buňkami ekosystému s cílem ovlivnění biologických vlastností nádoru (růst a migrace). Zvýšení účinnosti těchto multi-cílových ligandů bude dosaženo po imobilizaci na multifunkčních dendrimerech a modifikovaných nanočástic (NP).

Výzkumný program č. 4 - Invazivita nádorových buněk 

• doc. RNDr. Jan Brábek, Ph.D.
• doc. RNDr. Daniel Rösel, Ph.D.

Výzkumný program doc. Brábka a doc. Rösela se zabývá molekulárními a buněčnými mechanismy motility a invazivity nádorových buněk a její plasticity, včetně studia buněčných struktur nezbytných pro invazivitu nádorových buněk. Laboratoř objevila a charakterizovala améboidní invazivitu a metastázování u nádorových buněk mesenchymálního původu a prokázala zvýšenou tvorbu trakčních sil u améboidních nádorových buněk. Jako první popsala strukturu invadopodií v komplexním 3 D prostředí. Později se skupina zaměřila na plasticitu invazivity nádorových buněk a odhalila několik signálních molekul, důležitých pro tento proces. V nedávné době skupina definovala a deklarovala novou kategorii protinádorových látek, cílených na inhibici invazivity a metastázování - migrastatika.

Výzkumný program č. 5 - Virová onkogeneze

• RNDr. Ruth Tachezy, Ph.D.
• RNDr. Michal Šmahel, Ph.D.

Tento program pod vedením RNDr. Ruth Tachezy a RNDr. Michala Šmahela je zaměřený na analýzu nádorového mikroprostředí u malignit s různou etiologií - virovou a nevirovou. Vedle klinických materiálů jsou v projektu použity lidské buněčné linie a myší nádorové modely. Jsou analyzovány subpopulace imunitních buněk invadujících nádory a jejich funkční charakteristiky, a také biomarkery charakteristické pro nádory dané etiologie. V myších nádorových modelech je studován účinek kombinovaných imunoterapeutických postupů a protinádorový vliv nízkomolekulárních inhibitorů.

Výzkumný program č. 6 - Proteomika nádorů

• Mgr. Helena Kupcová Skalníková, Ph.D.
• RNDr. Jiřina Tylečková, Ph.D.

Pod vedením Mgr. Heleny Kupcové Skalníkové se výzkumný program 6 realizovaný v Laboratoři aplikovaných proteomových analýz ÚŽFG AV ČR zabývá komplexním studiem proteinů na různých buněčných úrovních. VP6 studuje cytokiny, chemokiny, růstové faktory a extracelulární váčky uvolňované do nádorového mikroprostředí či tělních tekutin. Zároveň využívá hmotnostní spektrometrii pro globální porovnání proteinových profilů buněk a pro cílenou kvantifikaci vybraných proteinů. Kromě analýz klinických vzorků prováděných zejména ve spolupráci s VP1 disponuje výzkumná skupina nádorové proteomiky vlastním chovem prasečího MeLiM modelu melanomu, u kterého je sledován vliv nádorového mikroprostředí na progresi či regresi nádorů.

Výzkumný program č. 7 - Genetika a transkriptomika nádorů

• Mgr. Michal Kolář, Ph.D.
• RNDr. Čestmír Vlček, Ph.D.

Tento program se pod vedením Mgr. Michala Koláře a RNDr. Čestmíra Vlčka zaměřuje na pokročilé genomické a transkriptomické analýzy klinických vzorků a buněčných komponent nádorového mikroprostředí, v současné době převážně nádorově-asociovaných fibroblastů. Vzorky kvantifikujeme na celogenomové úrovni pomocí nejmodernějších vysokoprůchodových sekvenačních metodik. Transkriptomové analýzy jsou prováděny i na úrovni jednotlivých buněk a dovolují charakterizovat různé podpopulace buněk nádorového mikroprostředí. Získaná data jsou následně bioinformaticky a statisticky zpracovávána. V těchto činnostech skupina doplňuje a rozšiřuje poznatky získané ve výzkumných programech 1, 3 a 6.